После настройки HTTPS на nginx по инструкции, в файле ds.conf нужно закомментировать (#) строки

root /nowhere;
rewrite ^ https://$host$request_uri? permanent;

После этого сервер становится доступен по портам 80 и 443 независимо.

1. По пути C:\Program Files\ONLYOFFICE\DocumentServer\nginx\html создать папки \.well-known\acme-challenge.
2. При верификации через win-acme указать локальный путь C:\Program Files\ONLYOFFICE\DocumentServer\nginx\html.
3. Профит!

Не знаю, баг это или фича, но в версии 5.6.5.3 реально работает! Это намного удобнее, нежели менять другие настройки nginx…

• Использование материалов данной базы знаний разрешено на условиях лицензии, указанной внизу каждой страницы! При использовании материалов активная гиперссылка на соответствующую страницу данной базы знаний обязательна!
• Автор не несет и не может нести какую либо ответственность за последствия использования материалов, размещенных в данной базе знаний. Все материалы предоставляются по принципу «как есть». Используйте их исключительно на свой страх и риск.
• Все высказывания, мысли или идеи автора, размещенные в материалах данной базе знаний, являются исключительно его личным субъективным мнением и могут не совпадать с мнением читателей!
• При размещении ссылок в данной базе знаний на интернет-страницы третьих лиц автор не несет ответственности за их техническую функциональность (особенно отсутствие вирусов) и содержание! При обнаружении таких ссылок, можно и желательно сообщить о них в комментариях к соответствующей статье.