После настройки HTTPS на nginx по инструкции, в файле ds.conf нужно закомментировать (#) строки

root /nowhere;
rewrite ^ https://$host$request_uri? permanent;

После этого сервер становится доступен по портам 80 и 443 независимо.

1. По пути C:\Program Files\ONLYOFFICE\DocumentServer\nginx\html создать папки \.well-known\acme-challenge.
2. При верификации через win-acme указать локальный путь C:\Program Files\ONLYOFFICE\DocumentServer\nginx\html.
3. Профит!

Не знаю, баг это или фича, но в версии 5.6.5.3 реально работает! Это намного удобнее, нежели менять другие настройки nginx…