Чтобы уведомление о копировании кода или фрагмента кода было более подходящим к текущему дизайну, надо отредактировать файл script.js, находящийся в dokuwiki/lib/plugins/copycode, добавив тег <pre> в строке 70:

    var alertMsg = '<div class="' + alertclass + ' alert-copycode"><pre>' + message + '</pre></div>';

И закомментировать в стиле style.css, расположенном там же, часть кода, как ниже:

.alert-copycode {
    position: fixed;
    display: block;
    top: 70px;
    z-index: 9999999;
/*  font-size: 12px;
    font-weight: bold; */
    right: 10px;
/*  color: #ffffff;
    box-shadow: 0.1em 0.1em 0.5em rgba(0,0,0,.3);
    padding: 15px;
    border-radius: 5px;
}
 
.green.alert-copycode {
    background: rgb(25, 219, 113);
}
 
.orange.alert-copycode {
    background: #ff5731; */
}

Дополнительно я еще перенес само окошко в другую сторону, изменив

    top: 70px;
    right: 10px;

на

    top: 10px;
    left: 10px;